Calogero Zaffuto viene ucciso insieme ad Angelo Carlisi il 21 aprile del 1993 sulla strada che collega Porto Empedocle con Maddalusa e San Leone. L'agguato scattò all'uscita della galleria del Kaos. Carlisi e Zaffuto erano andati al porto per acquistare pesce da rivendere a Grotte, il loro paese. L'ipotesi degli investigatori è che Carlisi sia stato ucciso per aver fatto uno sgarbo a un amico di Vincenzo Licata, boss del paese e amico personale di Giovanni Brusca.